Câu chuyện tập trung vào Cuộc Chiến Chén Thánh và khám phá mối quan hệ giữa Shirou Emiya và Sakura Matou, hai thiếu niên tham gia vào cuộc xung đột này. Câu chuyện tiếp tục ngay lập tức từ Fate / stay night: Heaven's Feel I. presage flower, theo chân Shirou khi anh tiếp tục tham gia Cuộc chiến Chén Thánh ngay cả khi đã bị loại khỏi tư cách chủ nhân.
